话说狄仁杰虽然声势大振，但终究是体力不支，纳兰琉璃在替狄仁杰挡招后受到了重伤更是被周重等人给控制住了，以此来要挟狄仁杰等人，眼看狄仁杰三人在生死边缘徘徊之际，忽然程三刚带着他的斧头横空出世，原来，程三刚在京城坐不住，他一直很担心狄仁杰，追到了南疆，于此生死关头，程三刚终于爆发出了他可怕的千人敌实力水准，大败突厥人万象门等人。
眼看胜利节节在望，突厥人乌勒石碌逃跑了，在逃跑前他用龙珠召唤出了黑色蛟龙，黑色蛟龙一出，天地变色，引来了大骚乱，黑色蛟龙无视一切的战斗力，根本不是凡人可以抵挡的。
此战终于变成了狄仁杰等众人与黑色蛟龙的作战，就在这时，倭国人裴尹尊出现了。
他带着天丛云剑草雉开始屠龙，狄仁杰其实心里早有计算，他猜的果然没错，裴尹尊根本不是什么普通人，裴尹尊就是当初消失在大唐里的武氏真将多宝鹿。
真将多宝鹿一辈子都在寻找蛟龙，他的使命便是为日本天皇带回龙元回家，此时此刻他豁出去了性命与蛟龙相搏。
可惜，真将多宝鹿的草雉剑虽然是神剑，可以将黑色蛟龙打伤，但人力绝非蛟龙之敌，眼看真将多宝鹿要被蛟龙杀死，狄仁杰救了他一命。
在对战蛟龙的最关键时刻，狄仁杰终于找到了蛟龙的弱点，蛟龙的额头上有一处缺口，狄仁杰利用这缺口给了蛟龙沉重一击，就在这时，宋秋水也出现了，宋秋水观战很久了，她带着天下第一和天下第二的神兵匕首突然出现，名为断玉与削金。宋秋水暗中得到了武氏的命令，想要坐收渔翁之利趁机将黑色蛟龙的龙元摘下来，可惜，黑色蛟龙虽然受了伤，但仍旧强大无比，蛟龙勃然大怒，当场将宋秋水重伤在地，眼看宋秋水偷鸡不成蚀把米就要被蛟龙一爪杀死，狄仁杰再次出手从蛟龙的手上救下了宋秋水。
所有人的体力都不足够支撑继续与蛟龙作战了，连程三刚都有些绝望了，就在这时，号称三十六剑的天下第一剑客李光孝出现了，陈尚山是李光孝的救命恩人，李光孝得知陈尚山有难，前来相救，李光孝手持名剑“画龙”，与“点睛“尺狄仁杰，”断玉与削金“宋秋水，程三刚，纳兰琉璃，陈尚山等众人合力将这个蛟龙再次重创。
可惜，人力终究还是无法屠龙，当所有人都绝望的时候，觉得必死无疑今天，白色蛟龙出现了，白色蛟龙性格温顺，它叼着遗失的蛟珠来到了黑色蛟龙身边，在一阵劝慰之下，两条蛟龙这才消失在了天地间。
狄仁杰好不容易解决蛟龙之难后回到长安城，却发现长安城此时流言再次四起，许多脏水也被泼到了狄仁杰的身上，武氏怀疑狄仁杰和神秘势力勾结，把这一切的罪过归咎到了狄仁杰的头上，被诬陷的他发现是自己的老对手诸葛恭居在背后咬了自己一口，被定罪的狄仁杰百口难辨，只有宋秋水和程三刚两个人在大殿上为自己正名，武氏将狄仁杰打入大牢，同时对宋秋水产生不满，认为自己的爱将爱上了狄仁杰是被同化了，其中也掺杂着一些嫉妒的心理，所以下令宋秋水亲手斩下狄仁杰的头颅。
在大殿之上，狄仁杰的好朋友程三刚为了证明狄仁杰的清白，更是不惜自插三刀，以血明志，声称狄仁杰如若是叛徒，那么自己第一个就自裁在大殿之上。
武氏亲自在名乐广场上监督宋秋水斩首狄仁杰，就当宋秋水下不去手的时候，天下第一高手李光孝忽然再次出现，击退众人，救下了狄仁杰。
好不容易逃脱的狄仁杰第一个找到诸葛恭居，逼问自己的老朋友老对手为何会诬陷自己，诸葛恭居告诉他之所以会诬陷，一方面是暗中得到了神秘人的证据和线索，另一方面确实存在私心，因为只要狄仁杰死了，自己就可以稳坐大理寺卿的位置，并且官运亨通。
此时，突厥国的公主夏念慈与大唐权臣，李氏一族的外戚唐过即将成亲，长安城内一片热闹，狄仁杰发现这个突厥国公主并不简单，她居然懂得一些奇门异术，并且此人心计极深，她的那个未婚夫唐过也属于李氏一族的要害人物，似乎所有的阴谋终于说得通了，都是这个突厥国公主和李氏外戚搞的鬼。
经过追查，狄仁杰终于掌握了突厥国公主夏念慈和唐过作乱的证据，所有真相大白于天下，突厥国作为大唐最危险的敌人，虽然一直和大唐都处于友好和平的状态，但一直企图吞并大唐，而他们想要抓住武氏登基称帝这个时间点来兴风作浪，试图搅乱大唐的秩序，然后从中得益，甚至是攻取大唐。
武氏在得知真相后第一时间便杀了唐过，但是在面对突厥国公主的时候，武氏犹豫了一下，询问狄仁杰要不要杀掉这个女人，狄仁杰的建议是不杀，唐中宗的建议是杀，武氏最后听取了狄仁杰的建议，并没有杀掉突厥国公主，反而大事化小小事化了，告诉突厥国公主，只要她安分守己地留在大唐，不会动她。
当狄仁杰认为所有事情都已经结束的时候，看起来所有事情都已经结束了的时候，突厥国公主夏念慈突然遇害，差点死在了自己的家中，幸好狄仁杰及时赶到，这才救下了她，这个心计很深的女人也是第一次开始反思自己，同时对狄仁杰动了情。
前来刺杀突厥国公主的人不是别人，正是消失已久的乌勒石碌，宋秋水也追查到了乌勒石碌，她和狄仁杰再次并肩作战，共同对付这个大阴谋家。
想到这个大阴谋家这次居然又带了一个高手，这个高手更是拥有一匹上古坐骑遗种“相蛇”，本领之高强，手段之繁多，狄仁杰和宋秋水完全不是对手。
原来，神秘高手不是别人，而是从一开始就看起来那个十分忠厚老实本本分分的国师，一直呆在女帝武氏身边的徐国师。
徐国师与乌勒石碌虽然本领强大，但终究不是狄仁杰和宋秋水的对手，两人合璧之后将他们打败。
徐国师告诉所有人，他其实一直都是唐中宗安插于武氏身边的棋子，唐中宗不想做一个没有实权的皇帝，只想推翻她的母后武氏，不再受制于武氏，所有的阴谋都是唐中宗策划的，不论是李氏的大臣们，还是突厥国，突厥公主夏念慈，等等，所有人都只是这盘棋中的棋子罢了。（在道出真相后，乌勒石碌自裁，徐国师逃跑掉了。）
所有的真相全部浮出了水面，所有人都不过是权利和欲望下的动物罢了，为了自己的目的与利益或是利用别人作棋子，或是被人当成棋子，而高高在上的武氏武则天，其实从一开始就知道这一切的真相，但是她却故意装作不知道，让狄仁杰去查案，让这些人闹得翻天覆地，在这种混乱的时候，她一边清除异己，杀掉政敌，一边故意示弱，让对方的尾巴越来越明显。
终于，武氏在权利的欲望和身为人母最后的人性之间要做出最后的抉择了。
唐中宗疯疯癫癫大哭大笑着武氏才是那个心机最深的人，唐中宗咆哮着说，自己反也是，不反也是，所有的一切都已经被武氏算计好了，既然如此，不如就成全了自己的母亲武氏。
武氏终于达到了自己的目的，在百官群臣上表中，唐中宗主动让出了自己的皇帝之位，武氏加冕龙袍，成为了千古第一女帝，迁都洛阳，改国号为大周。
狄仁杰在经历了这一切之后，感到政治阴险，觉得力不从心，想要从此归隐山林，但能力出众的她被武氏看重，不愿放他走，一番嘉奖之后，狄仁杰再次回到了大理寺中，成为了大理寺卿，破案办案，一心为民，与此同时，作为大江府统领的宋秋水和狄仁杰也开始了他们两人之间的爱情。
一切的一切，看似圆满结束，回归了风平浪静，实则刚刚开始…
画面一转，逃跑掉的徐国师跪到在了一座灵堂的牌位前，冲着牌位开始哭诉，原来，徐国师的真实身份是隋朝杨氏后人，暗怀复国之志。北方的突厥国在阴谋败露之后，看似乖巧平静，实则从未放弃过狼子野心。
狄仁杰系列宇宙，狄仁杰之瞒天过海，全书完。
瞒天过海，字面意思为瞒着天子的眼睛不让他看到大海的恐怖方能跨过汹涌的大海，实意与掩耳盗铃的含义相似，是兵法中三十六计中的第一计。